一、当前存在的主要问题
（一）税收政策方面问题按照《关于粮食企业增值税征免问题的通知》（财税字[1999]198号）文件规定，自1999年8月1日起，凡国有粮食购销企业销售粮食，暂一律开具增值税专用发票。但事实上如果购货方取得增值税专用发票将少抵扣进项税额，所以多数购货企业要求粮食企业开具普通发票或不索取发票而有自己开具收购发票。
（二）粮食企业营销不规范，上门收购、现金交易，收购价格不稳定，税务部门无法准确掌握其经营情况，这就给国税部门税收征收管理带来了很大困难。
（三）收购发票管理方面存在的问题
1、由于农产品收购发票是由收购者自行填开，地点不确定，涉及面广，虚开收购发票现象普遍存在。少进多开、低进高开，擅自提高购进价格或增加购进数量，甚至将运杂费、装卸费和一些无法取得发票的费用都计入收购价格之内，大大提高了农副产品的收购价格，造成收购发票金额超过了实际支付金额。
2、管理手段落后，由于收购发票使用量大，因此在确认收购对象时，只能一户一户的进行实地核查，在确认收购产品的单价、金额等方面，由于无法掌握相关信息，也就无法监督企业是否做到了账实相符、账账相符、账表相符，而这样做即浪费人力物力，又无法查出实际问题。
二、对粮食企业税收征管现状的几点建议
（一）取消国有粮食企业免税的税收政策，粮食经销企业销售差价小和进项税按收购价低扣的原因，所有经营粮食的增值税一般纳税人企业都是进项税额大于销项税额，认定国有粮食企业免税已无实际意义。
（二）加强对农副产品收购发票的日常管理1、农副产品收购发票的发放必须从严。根据企业经营规模实行按月限量发放，验旧购新。2、严格执行《国家税务总局关于加强粮食收购发票管理问题的通知》（国税函[2002]804号）规定：“凡从事粮食收购业务的企业，在与卖粮人进行粮款结算时，必须使用税务机关统一印制的粮食收购发票。不得以其他凭证代替粮食收购发票使用，或作为会计入账凭证。”对会计核算不健全的企业，一律不得领用收购发票，由税务机关代开。严禁跨地区使用收购发票，既坚持属地管理的原则。（三）加大对农副产品收购企业的纳税评估力度。一是要从收购渠道上严格把关。要坚持必须是从农业生产者手中直接收购的农业初级产品，方可开具收购发票；
其余通过其他渠道收购的农产品一律不得使用收购发票；
必须严格控制企业跨地区使用农产品收购发票，严格核查收购金额较大且同一销售者多次销售的情况。二是要从收购的数量及价格上进行核查。对于收购的数量，要通过实地查验核实库存数量与实际收购数量是否一致。三是要通过资金往来情况查找问题。农产品收购一般以现金支付为主要方式，对于企业的收购资金运动情况，可通过原始凭据和企业账目核实企业资金往来的真实性
