按照推进乡镇政治体制改革，完善农村社会主义市场经济体制的要求，为适应农村税费改革及取消农业税后农村经济社会发展的新形势，乡镇政府应进一步转变乡镇政府职能、精简乡镇机构和人员编制，切实减轻农民负担，巩固农村基层政权。
乡镇机构改革的方向应该是，通过转变乡镇政府职能，精简机构和人员，建立行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的行政管理体制和运行机制。
工作重点应该是重新界定乡镇政府职能，根据职能需要，严格规范乡镇机构和岗位设置，重新核定乡镇行政和事业单位的编制，大力整合事业站所，调整布局，综合设置。有条件的走企业化、社会化的路子。撤并重复设置、职责任务萎缩、长期不出成果的事业单位。把乡镇政府的职能切实转变到加强行政管理和提供社会公共服务上来，使乡镇政府减少对经济和社会事务的直接管理。同时，规范乡镇机关、事业单位的职能，搞好职能定位，将机关承担的技术性、辅助性、事务性、服务性工作交给事业单位，将事业单位承担的行政管理职能收归行政机关。此外，合理划分“责、权、利”，理顺条块关系，对设在乡镇的直接为农业生产和农村工作服务的事业单位，实行以乡镇管理为主的体制；
对实行区域性建设和管理的事业单位，实行条块结合、以条管理为主的体制。
一、乡镇党政机关要根据经济社会发展的状况和特点，按照便于统一领导和管理的原则，撤销党政机关内设结构，以有利于乡镇履行职能，有利于更好地为农民服务，有利于提高工作效率为最终目的，科学设置职（岗）位，将工作任务直接分配到人，各负其责。在对乡镇政府职能进行分解、界定的基础上，实行 “干事”和“助理员”制，明确“干事”、“助理员”的工作职责。不同“干事”、“助理员”职位的公务员，按照职责分工，在相关乡镇党委、政府负责人的领导下，独立负责地开展工作，实现“职、权、责”的有机统一。就会能够有效理顺乡镇党政之间的工作关系，进一步完善和改进党的领导和行政运行机制，降低行政成本，提高工作效率。
二、乡镇事业单位要调整布局，规范名称，按照事权、财权和人权相统一的要求，理顺条块关系，改革现行事业单位管理体制，真正赋予事业单位法人地位，推动事业单位社会化进程。要坚持市场取向，遵循市场规律，引入竞争机制，办好社会事业，变“养人”为“养事”。围绕农村经济建设，适应农村改革和农村经济发展的需要，积极发展农业社会化服务体系。要从改革现行管理体制入手，对现有的事业结构进行科学分类，实行多样化的分类管理。要按照推进事业单位社会化的要求，明确职能定位，划清政事范围，真正实现政事分开。在机构设置上，要结合本地实际，因地制宜，有利于健全事业机构的整体服务功能，建立多种形式的社会化服务体系。
三、要按乡镇机构设置的情况，制定科学的编制方案，统一核定乡镇机关和事业单位的编制，合理确定人员编制和领导职数。要在领导干部配备上，实行交叉任职，领导职数实行总量控制，党、政、人大三位一体，合理配备班子。分管工作应避免交叉，选配具有相应专业知识的干部，管理各项工作。
